Pour assurer la cohérence de cet inventaire à l'échelle nationale, une méthodologie commune a été élaborée en collaboration avec la Conférence permanente du patrimoine géologique (CPPG). Cette méthodologie, initiée en 2006 et mise à jour en 2014, précise les directives techniques et méthodologiques pour la collecte et la saisie des données géologiques à travers un logiciel spécialisé appelé iGEOTOPE. Chaque région contribue activement à cet effort, avec une validation initiale des données au niveau régional par les Conseils scientifiques régionaux du patrimoine naturel, avant leur transmission à la Commission nationale de validation, par le Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN). Cette commission, appuyée par les Directions régionales de l'Environnement, de l'Aménagement et du Logement (DREAL), joue un rôle crucial dans l'évaluation finale et la publication des données validées sur l'INPN. En 2024, plus de 200 sites géologiques ont été validés ou mis à jour, reflétant l'engagement continu des régions telles que le Centre Val-de-Loire, la Guyane, le Grand-Est, l'Occitanie, l'Ile-de-France, l'Auvergne-Rhône-Alpes, la Provence-Alpes-Côte d'Azur et la Nouvelle-Aquitaine. Ce processus est soutenu par les Commissions Régionales du Patrimoine Géologique, qui mobilisent un large réseau d'experts et d'acteurs locaux, y compris des professionnels, des amateurs et des associations.